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ベータ-ディフェンシンは、小さく、塩基性で、糖鎖化されていないタンパク質であり、29-34のアミノ酸から構成され、3つの分子内ジスルフィド結合を含んでいます。これらは、環状で複雑に折りたたまれたトリプルヘリックス-ベータシート構造と分子の安定性に寄与しています。また、ディフェンシンの生物学的活性にも必要です。
ディフェンシンは元々無脊椎動物で発見され、原始的な免疫系の一部と見なされています。しかし、ヒト、ウサギ、ラットなどの他の種にも見られます。
内因性に生成されるベータ-ディフェンシンは、先天的な哺乳類免疫系の一部でもあり、抗菌作用（例：大腸菌やヘリコバクター・ピロリに対して）を通じて腸上皮のバリア機能に寄与しています。
ヒトでは、9種類の上皮由来の異なるディフェンシンがこれまでに記述されており、ヒトベータ-ディフェンシン1、-2、-3（HBD-1、-2、-3）などがあります。これらのベータ-ディフェンシンの発現は、炎症促進性サイトカインや微生物（例：E. coli、H. pylori、またはP. aeruginosa）によって誘導されます。
クローン病患者の腸上皮細胞では、ベータ-ディフェンシンの発現が減少していることが観察されています。このことにより、腸粘膜のバリア機能が制限され、細菌の侵入が増加し、クローン病に特有の炎症を引き起こす可能性があります。減少したベータ-ディフェンシンの発現がクローン病の発症に関与しているかどうかは、現在調査中です。また、いわゆるプロバイオティクス細菌がベータ-ディフェンシンの発現を刺激するかどうかも、現在の研究のテーマとなっています。
